我们不可能找到一种适合所有区域合作情形的治理机制，最优治理机制的产生是一个选择的过程，要综合权衡治理机制本身的成本与区域实际需求。当前，我国区域合作以地方政府的自主性协作为主要形式，在实践中面临许多问题。因此，必须宽视野，推动纵向方面政府与社会组织的积极参与，通过横向协作与纵向嵌入的有机结合，来应对我国区域合作的复杂情况。