继二审稿确认行政首长出庭应诉制，三审稿又进一步对行政机关不到庭应诉、中途随意退庭等做法进行了限制。相应的规定为：“人民法院对被告经传票传唤无正当理由拒不到庭，或者未经法庭许可中途退庭的，可以向其上一级行政机关或者监察机关提出依法给予其主要负责人或者直接责任人员处分的司法建议。”相应删去修正案草案二审稿第四十一条第一款第二项。

    除此以外，三审稿还对行政行为确认无效、复议机关并列被告、适用民事诉讼法的行政案件等程序性内容作出了规定。